Ботанический сад находится в холмистой местности, между озёрами Нижний Перт и Пустынное. Площадь, занимаемая садом, составляет 5 гектар.
Первые посадки, сделанные архимандритом Макарием, не сохранились. На сегодняшний день сохранился дачный участок Макария, сложенный из больших стволов лиственницы.
Вдоль центральной дороги сохранились посадки бадана толстолистного, а вообще на территории растут более тридцати разнообразных видов древесных растений, 500 сортов декоративных, пищевых, лекарственных и кормовых растений.
Ботанический сад относится к Соловецкому государственному музею-заповеднику.
Ботанический сад на Большом Соловецком острове был основан архимандритом Макарием в 1822 году и первоначально назывался Макарьевской пустынью (во времена большевистского концлагеря пустынь стали называть хутор Горки).